1995年5月，国家863计划的重大成果、我国第一套大规模并行计算机系统——曙光1000研制成功并通过了国家科委组织的专家鉴定。该系统在整体上达到了九十年代前期的国际先进水平。某些方面，如蛀洞路由器（Wormhole Routers）通信芯片，并行操作系统和并行优化编译等达到了国际领先水平。时任国务委员兼国家科委主任的宋健院士指示，用曙光1000在全国建立一批国家高性能计算中心，大力开展曙光1000的推广应用。第一套曙光1000于当年8月在北京开始为用户服务。国家高性能计算中心（合肥）1996年7月建立并为用户服务。此后，又在北京、成都、武汉和上海相继成立了四个国家高性能计算中心，在全国形成了一个以曙光天潮系列为主服务器的第一个全国性的高性能计算网络，大规模地对全国众多行业领域进行高性能计算服务。目前各中心的主计算服务器已由初期的曙光1000和1000A升级到了曙光2000。2001年国家又在杭州、西安、北京华大基因研究中心建立起三个国家高性能计算中心，各中心均配置了一台曙光3000。

　　为了支持广大用户在国家高性能计算中心进行高性能计算和维持各中心的正常运转，国家科委（现科技部）、国家自然科学基金委、中国科学院和国家教委（现教育部）共同出资设立了国家高性能计算基金。关于国家高性能计算基金的管理方式，请参见"国家高性能计算基金章程"。（注：此项基金从1996年开始运作，2001年已截止。）

　　截止1998年底，国家高性能计算基金共支持了100多个国家自然科学基金、攀登计划、国家攻关计划、863计划和各部委省市的重要课题在五个中心进行计算。此外，这些中心还支持了其他150余个课题完成了计算任务，取得了一批在国内外有重要影响的成果。首先要祝贺用户取得了这么多好成果，也要感谢他们对民族高性能计算机事业的大力支持。高水平的计算机系统、高水平的维护管理和技术支持以及各领域专家的共同努力是出高水平成果的关键。只有用户的成功才是我们的成功。各国家高性能计算中心将一如继往地全心全意为广大用户提供高水平的服务。